1-4 Makromolekulare Struktur, v1.0 Mai 2002 1 Dieses signi verringert cantly die Menge von Daten, denen gesendet werden muß, wenn Sie zu verglichen werden ein gesamtes an Le über ftp oder HTTP zurückholen, eine Methode allgemein verwendet im Geschenk Anwendungen. 1,3,5 Benutzerfreundlichkeit Eine Primäranforderung des Designs war daß es Geschenk eine Schnittstelle, die offenbar war De ned und einfach, vom Gesichtspunkt des Entwickelns von Neuanmeldungen zu verwenden. Seit leicht anwendbare Auswertung für eine neue Schnittstelle basiert häufig auf Vergleichen mit vorher vorhandene Methodenlehre, wir Anmerkung des Briekäses y die gegenwärtige Lage der kunst in diesem Bereich. Quantitative makromolekulare Daten erhalten, die beträchtliche Majorität der gegenwärtigen Anwendungen über analysieren Sie einen großen Text Le, der ein Vermächtniseinsetzt format, das 25 Jahren vor an entwickelt wird Protein-Datenbank Brookhaven und basierte ursprünglich auf Lochkarten [ Bernstein77 ]. Ein Beispiel dieses Datenformats, das ist wahrscheinlich zu vielen vertraut die Biochemiker, die im eld arbeiten, wird im Excerpt unten gezeigt. Dieses Excerpt verzeichnet mehrere von den Atompositionen in einem Hämoglobinmolekül (4hhb.ent). Trotz der vielen Probleme mit diesem Format zu seiner Gutschrift ist es einfach zu verstehen und in den meisten Fällen einfach zu analysieren. Excerpt der ATOM-Aufzeichnungen von einer Formatakte des Vermächtnises PDB ... ATOM 6 CG1 VAL A 1 7,009 20,127 5,418... ATOM 7 CG2 VAL A 1 5,246 18,533 5,681... ATOM 8 N LEU A 2 9,096 18,040 3,857... ATOM 9 Ca LEU A 2 10,600 17,889 4,283... ATOM 10 C LEU A 2 11,265 19,184 5,297... ATOM 11 O LEU A 2 10,813 20,177 4,647... COLUMBIUM LEU A 2 Des ATOMS 12 11,099 18,007 2,815... ATOM 13 CG LEU A 2 11,322 16,956 1,934... ... Ein einzelner Fall der Struktur AtomSite dokumentiert in Abschnitt 2,3,5,1, AtomSite, auf Seite 2-15 speichert die kartesische Position und andere Informationen über ein Atom gerade als a einzelne ATOM-Aufzeichnung tut in diesem Format des Vermächtnises PDB. Die komplette Liste (ein IDL Reihenfolge) aller Atome in einer makromolekularen Struktur wird zurückgebracht, indem man hervorruft get_atom_site_list- Methode auf einem Fall von Eintragungs- Schnittstellengegenstand. Als einfaches Beispiel zum Veranschaulichen der Benutzerfreundlichkeit der Schnittstelle de Nition, das folgende Javacodefragment würde aus dem Atomidenti er, Atomart und dem kartesischen drucken (x, y, z) Position für alle Atome im Makromolekül 4hhb. Eintragung e = entryFactory.get_entry_from_id(4hhb); AtomSite[ ] a = e.get_atom_site_list(); für (intern i = 0; I < a.length; i++) { System.out.println(a[i].id + + a[i].type_symbol.id + (+ a[i].cartn.x +, + a[i].cartn.y +, + a[i].cartn.z +)); } Dieses Codefragment produziert den Ausgang: